К отрицательным сторонам НПЗ «Башнефть-сервис» можно отнести чрезмерную бюрократию, задержки с закупкой инструментов и материалов, низкие зарплаты инженеров-технологов, корыстных кадровиков, а также службу охраны труда, которая большую часть времени проводит в офисах.