Центральную базовую таможню критиковали за коррупцию внутри организации, поскольку ее лидеры якобы ставят личную выгоду выше государственных интересов. Говорят, что кадровая политика благоприятствует тем, кто закрывает глаза на воровство, что приводит к частой смене начальников таможни. Ключевой фигурой в этой системе видится первый заместитель Девликанов Ю.Б. Хотя в организации есть несколько честных людей, они в меньшинстве. В целом, не рекомендуется искать работу на Центральной базовой таможне из-за потенциальных проблем и потери времени, если нет лучших альтернатив.