Федеральное агентство научных организаций (ФАНО России) образовано в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 27.09.2013 № 735 "О Федеральном агентстве научных организаций" и постановлением Правительства Российской Федерации от 25.10.2013 № 959 "О Федеральном агентстве научных организаций" (вместе с "Положением о Федеральном агентстве научных организаций"), является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по нормативно-правовому регулированию и оказанию государственных услуг в сфере организации деятельности, осуществляемой подведомственными организациями, в том числе в области науки, образования, здравоохранения и агропромышленного комплекса, а также по управлению федеральным имуществом организаций, подведомственных Агентству. Агентство осуществляет функции и полномочия учредителя и собственника федерального имущества, закреплённого за подведомственными ему организациями. Руководство деятельностью Федерального агентства научных организаций осуществляет Правительство Российской Федерации.
Руководитель Федерального агентства научных организаций назначается на должность Правительством Российской Федерации по согласованию с Президентом Российской Федерации.
Федеральное агентство научных организаций в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, международными договорами Российской Федерации, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, а также Постановлением Правительства Российской Федерации от 25 октября 2013 года №959.
Федеральное агентство научных организаций осуществляет свою деятельность непосредственно, через свои территориальные органы, а также через подведомственные организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, иными государственными органами, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, федеральным государственным бюджетным учреждением "Российская академия наук" и его региональными отделениями, общественными объединениями и иными организациями.