Бывшие сотрудники ФГБНУ НЦССХ им. А.Н. Бакулева выделила несколько негативных сторон деятельности компании. К ним относятся скудные зарплаты во время испытательного срока, несоблюдение прав работников, нерегулируемый рабочий день, очень низкая заработная плата и недостаточные социальные выплаты. Руководство характеризуется зверским отношением к сотрудникам, есть жалобы на неоплачиваемый отпуск при увольнении. В целом компанию критикуют за плохое обращение с сотрудниками и отсутствие адекватных компенсаций и льгот.