В отзывах о ФГУ «НЦ ЭСМП» отмечаются негативные стороны деятельности компании, в том числе нехватка реагентов и инструментов, постоянное изменение решений начальства, плохие условия труда. Один рецензент отмечает трудности в работе с директором Института экспертизы качества лекарственных средств, называя ее грубой и вызывающей страх у сотрудников. В компании царит неудовлетворенность и дискомфорт, некоторые сотрудники подумывают об уходе из-за сложной рабочей обстановки.