ФГУП «Спецстройтехнологии» подвергалось критике за различные негативные моменты, в том числе за кражи, непрофессионализм, аварийные работы и нападения. Компанию называют «шарашкиной конторой», где сотрудников часто увольняют после испытательного срока, чтобы не платить более высокие зарплаты. Руководство, в частности А. Белков и Д.Д. Тришкину критикуют за некомпетентность и непрофессионализм. Рабочая среда описывается как хаотичная и дезорганизованная, при этом мало внимания уделяется благополучию и профессиональным знаниям сотрудников. Репутация компании запятнана обвинениями в коррупции и связях с высшими должностными лицами.