Перед органами специальных перевозок стоит ряд важнейших задач, решение которых составляет основу деятельности: 1. Планирование, организация, оперативное управление и учет воинских и специальных перевозок МВД России, а также контроль за осуществлением этих перевозок. Осуществляется контроль за продвижением по железным дорогам всех воинских эшелонов, воинских транспортов и команд, обеспечивая при этом их первоочередную погрузку и доставку по назначению.
2. Проведение единой технической политики в развитии и оснащении промышленного железнодорожного транспорта МВД России и учреждений уголовно-исполнительной системы. Сотрудники участвуют в обучении личного состава органов внутренних дел и военнослужащих внутренних войск МВД России правилам перевозок железнодорожным, водным и воздушным видами транспорта, принимают участие в разработке законодательных и иных нормативных правовых актов Российской Федерации, МВД России по вопросам работы промышленного железнодорожного транспорта, организации