В настоящее время в диспансере 10 стационарных отделений на 386 коек: торакальное, 1-е хирургическое, 2-е хирургическое (опухолей головы и шеи), онкогинекологическое, отделение радиотерапии, отделение лекарственной терапии, отделение химиотерапии гемобластозов, отделение химиотерапии солидных опухолей, отделение трансплантации костного мозга, детский дневной стационар. Реанимационная служба представлена отделением анестезиологии-реанимации для взрослых на 9 коек и детским отделением анестезиологии-реанимации на 6 коек. Консультативная поликлиника диспансера рассчитана на 411 посещений в день. Ежегодно в стационарах диспансера получают лечение более 10 тыс. больных области, проводится свыше 3,5 тыс. сложнейших операций, внедрена эндоскопическая хирургия. Оказывается высокотехнологичная медицинская помощь в объеме 1400 случаев в год.
В диспансере размещена кафедра онкологии, рентгенологии и медицинской радиологии Оренбургской государственной медицинской академии, для которой диспансер