В настоящее время в структуре детской больницы работают отделения круглосуточного стационара – педиатрическое, инфекционное; поликлиника - 22 педиатрических участка, отделение организации медицинской помощи детям и подросткам в образовательных учреждениях, дневной стационар, физиотерапевтическое отделение, клинико-диагностическая лаборатория, бактериологическая лаборатория, молочная кухня, пищеблок.