ФГНУ «ГосНИОРХ» является государственной научной организацией, финансовое обеспечение которой осуществляется из средств федерального бюджета. Учреждение находится в ведении Федерального Агентства по рыболовству в соответствии с указом Президента РФ № 1274 от 24.09.2007 г.
В 2009 г. ФГНУ "ГосНИОРХ", один из старейших институтов рыбной отрасли России, отметил свое 95-летие. В течение всего периода своей деятельности он является ведущей научной организацией России, выполняющей комплексные наблюдения во внутренних водах Российской Федерации, включая внутренние воды Балтийского моря.
Структура и задачи научных исследований института, созданного в начале прошлого века, ориентированы на мониторинг водных экосистем с целью рационального использования, изучения и приумножения рыбных запасов.
Развитие гидротехнических и строительных работ в пределах бассейна Балтийского моря и европейской части РФ обусловило актуальность изучения воздействия хозяйственной деятельности