Московская государственная экспертиза получила негативные отзывы от некоторых пользователей, особенно относительно честности ее экспертов. Многие из этих экспертов обвиняются в том, что они отдают предпочтение определенным конструкторским бюро, которые они считают более снисходительными в своих процессах документирования. Этот фаворитизм, по-видимому, проистекает из личных связей, поскольку некоторые эксперты, как сообщается, имеют «карманные» отношения с этими проектными фирмами. Кроме того, есть утверждения, что некоторые эксперты зашли так далеко, что основали эти бюро для своих родственников, что вызывает опасения по поводу конфликта интересов. В целом, отзывы указывают на тревожную тенденцию предвзятости и отсутствия прозрачности в деятельности компании.