К негативным сторонам работы в «Мостурфлоте» можно отнести постоянное ущемление прав сотрудников, ненормативную лексику со стороны руководства, трудные ночные смены для женщин, дедовщину в отношении новичков со стороны старых работников, неуважительное поведение со стороны руководства. Рабочие получают некачественную еду, без надзора за приготовлением пищи или планированием меню. Медицинская помощь ограничена: медики наблюдают только за переломами, а сотрудникам приходится самостоятельно получать рецепты. Руководство не реагирует на проблемы и сосредоточено на личных интересах, а не на решении проблем на корабле.