НПО «Эшелон» критиковали за фаворитизм на руководящих должностях, при этом ключевые роли занимали друзья генерала. Ожидается, что сотрудники будут работать сверхурочно, при этом даже незначительные опоздания будут тщательно контролироваться. Существуют опасения по поводу предвзятости в процессах сертификации, поскольку сотрудники обвиняют сотрудников в создании конкурирующей компании для выполнения аналогичной работы. Отмечается явное невмешательство генерального директора в повседневную деятельность. Эти проблемы предполагают сложную рабочую среду с потенциальными конфликтами интересов среди руководства.