НПО «ВЕРТЕКС», по словам бывшего сотрудника, имеет и отрицательные стороны, такие как лживые обещания генерального директора о бонусах и требование низких зарплат. Компания сталкивается с финансовыми трудностями, что приводит к задержке зарплаты, а некоторые сотрудники вообще не получают зарплату. Многие молодые работники уходят через несколько месяцев, не получив зарплаты. Сотрудник настоятельно не советует работать в НПО «ВЕРТЕКС» из-за этих проблем.