АО «НППГЕОФИЗИКА-КОСМОС» подверглось критике за бесхозяйственность и отсутствие осмысленной работы. Сотрудники описывают компанию как «мусорную свалку», где военные средства тратятся безрезультатно. Руководство считается разобщенным и неэффективным, больше внимания уделяя внешнему виду, чем реальной работе. Рабочие нанимаются за низкую заработную плату, а задачи выполняются неэффективно. Есть опасения по поводу качества оборудования и общей компетентности управленческой команды.