ООО «РЖД Логистика» критиковали за его негативные стороны, в том числе за команду, ориентированную на деньги любой ценой, и иерархическую структуру с небольшим количеством реальных сотрудников. Говорят, что в процессе отбора предпочтение отдается тем, кто похож на директора по персоналу и социальным вопросам и знает, как ей угодить. Компания гордится соблюдением трудового законодательства, но отсутствие визитов Государственной инспекции труда воспринимается как упущенная возможность для улучшения. О компании говорят, что у нее красивое название, но гнилая внутри.