Волжский православный институт подвергался критике за различные негативные аспекты, в том числе за очень низкие зарплаты, неорганизованный внутренний документооборот, постоянное участие в организации мероприятий без вознаграждения. Принятие решений затруднено из-за зависимости от иррационального и капризного лидера. Условия труда некомфортные: летом в помещениях слишком жарко, а зимой слишком холодно. Кроме того, отсутствует доступность для людей с ограниченными возможностями, а сотрудники чувствуют себя перегруженными работой без должной мотивации.