Российское общество онкоурологов получило негативные отзывы, причем критика была сосредоточена на практике управления организацией. Несмотря на то, что они позиционируют себя как благотворительную организацию, их обвиняют в том, что они ставят на первое место собственные интересы и плохо обращаются с сотрудниками, спонсорами и партнерами. Качество их работы подвергается сомнению, есть обвинения в манипуляциях, ограничениях и недоплате. Упоминание о судебном деле в центре Блохина с участием руководителей и правления организации приводится как свидетельство их сомнительной практики.