Московский городской трест геолого-геодезических и картографических работ организован решением Мосгорисполкома №13 от 15 июня 1944 года. ГУП «Мосгоргеотрест» является муниципальной геолого-геодезической службой города Москвы и территориальной организацией по городу Москве и входит в состав Комитета по архитектуре и градостроительству г. Москвы. Учредителем ГУП «Мосгоргеотрест» является город Москва в лице Департамента имущества города Москвы. Единоличным исполнительным органом ГУП «Мосгоргеотрест» является его руководитель (управляющий).