Барнаульский водоканал подвергался критике за устаревший и авторитарный стиль управления, который препятствует здоровым инициативам и справедливой оценке работы. Компания отдает приоритет рейтингу над фактическим вкладом сотрудников и ценит обязательную инициативу. Амбиции руководства часто перевешивают компетенции, что приводит к конфликтной и неудобной рабочей среде с низким уровнем межведомственного сотрудничества. Бюрократия и отсутствие понимания современного бизнеса на всех уровнях задерживают принятие решений, делая некоторые решения неактуальными. Ответственность за невыполнение задач ложится на исполнителей, несмотря на возможное вмешательство менеджеров. Монополия компании на муниципальном рынке сохраняет ее жизнеспособность, поскольку ее бизнес и политика управления могут не процветать в конкурентной среде.