ФГУП «Атомфлот» получил негативные отзывы от сотрудников с жалобами на вводящие в заблуждение должностные обязанности, несправедливое обращение и отсутствие поддержки со стороны отдела кадров. Сотрудники сообщали, что их нанимали инженерами, но назначали на должности механиков, они сталкивались с проблемами со стажировкой и сроками и чувствовали себя одноразовыми. Были также обвинения в нечестности в отношении лицензий на плавание. В целом компанию критиковали за плохое обращение с сотрудниками и отсутствие ответственности.