МосгортрансНИИпроект критикуют за методы управления, заявляя о некомпетентности и фаворитизме среди директоров и сотрудников отдела кадров. Директору по персоналу не хватает понимания трудового законодательства и управления персоналом, что приводит к сомнительным решениям о найме. Также упоминаются обвинения в непрофессиональном поведении и ненадлежащих действиях некоторых сотрудников. Кроме того, среди сотрудников звучат обвинения в утечках информации и зависти. Подлинность положительных отзывов подвергается сомнению, есть подозрения в их сфабрикованности. В целом компания изображается в негативном свете, подчеркивая различные внутренние проблемы и конфликты.