НПО «ПРОГТЕХ» критиковали за кумовство и фаворитизм при приеме на работу, при этом руководящие должности часто достаются знакомым руководства, а не квалифицированным специалистам. Компания описывается как создающая нездоровую рабочую среду, в которой профессиональные качества игнорируются в пользу подхалима и стукачества. Те, кто имеет связи с начальством, получают возможность шпионить за департаментами, что приводит к нехватке квалифицированных сотрудников на ключевых должностях. В целом компания не рекомендуется тем, кто ищет карьерный рост или достойное рабочее место.