НПО «Спецпроект» критикуют за бесхозяйственность и отсутствие стабильности. Сотрудники сообщают о таких проблемах, как задержка зарплаты, невыплата пособий и высокая текучесть кадров. В компании произошли многочисленные изменения в руководстве и собственности, что привело к ухудшению условий труда и перспектив трудоустройства. Офис описывается как хаотичный, в нем всего несколько реальных работников и директор, которого считают номинальным главой. В целом, компании рекомендуется избегать из-за ее проблем с администрированием и финансовыми проблемами.