«Протон+Сервис» критиковали за неэффективное управление: бывшие военнослужащие на руководящих должностях приводили к ненужным сверхурочным работам и повторяющимся задачам. Сотрудники часто работают по выходным с небольшой оплатой и сталкиваются с плохими условиями труда из-за мер по сокращению затрат. Хотя задержки зарплаты случаются редко, культура компании поощряет сотрудников работать по привычке или в угоду начальству. В целом компания описывается как имеющая культуру неэффективности и невнимания к благополучию сотрудников.