Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры (ЦЭНКИ) был создан при Российском космическом агентстве в 1994 г. в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации
Приказами Генерального директора Российского авиационно-космического агентства ФГУП «ЦЭНКИ» определено головным исполнителем работ по подготовке и проведению запусков космических аппаратов (КА), в том числе по экологическому мониторингу и осуществлению эксплуатации расположенных на территории Российской Федерации районов падения, используемых при запусках КА с космодрома Байконур.