Сотрудники АО «Аптеки Санкт-Петербурга» выразили обеспокоенность по поводу различных негативных сторон деятельности компании. К ним относятся нарушения Трудового кодекса Российской Федерации, такие как работа сотрудников сверхурочно без должной компенсации. Также есть жалобы на некомпетентность, отсутствие перспектив роста и нацеленность компании на сбор личных данных посредством сплетен. В целом сотрудники считают, что деятельность компании не способствует созданию здоровой рабочей среды: от трудовых нарушений до отсутствия возможностей профессионального развития.